Ông qua đời ngày 12 tháng 8 năm 1689 tại Rôma, Ý. Ông được Giáo hoàng Piô XII tôn phong Chân phước ngày 07 tháng 10 năm 1956 mặc dù tất cả các vị vua, hoàng đế và các chính quyền Pháp từ thời Louis XV đã đạt được việc ngăn cản phong chân phước cho Giáo hoàng Innôcentê XI.

Hiện nay thi hài bất hoại của ông còn nguyên vẹn an nghĩ dưới bàn thờ Thánh Sebastiano trong Vương cung thánh đường Thánh Phêrô tại Vatican, Rôma.

Ông là một trong ba vị Giáo hoàng mà thi hài được đặt trong Vương cung thánh đường Thánh Phêrô để cho các tín hữu hành hương kính viếng và cầu nguyện xin ơn.